La Loutre semble avoir disparu du bassin du Rhône depuis une trentaine d'années, comme c'est le cas presque partout en France, du fait de l'altération de la qualité physique et chimique de leurs habitats (barrages, incision des lits, endiguement, pollution).
Les persécutions (chasse, piégeage) ont également fortement contribuées à son éradication. Toutefois, quelques observations d'individus isolés ont été répertoriées depuis sur tout le bassin du Rhône, et en particulier en Haute-Savoie depuis 2003 sur le bassin de l'Arve et du Giffre.
Il semblerait qu'il y ait une reprise des populations à partir de quelques loutres passés inaperçues parce que trop peu nombreuses. Outre l'aspect de conservation de la biodiversité dans notre département, la Loutre constitue, de part sa position dans la chaîne alimentaire et son écologie, un excellent indicateur de la continuité écologique et de la qualité globale des cours d'eau et de leurs milieux associés (ripisylve, plaine alluviale...). L'extension actuelle des populations de Loutres en Haute-Savoie est une opportunité de mieux connaître la véritable fonctionnalité des grands axes migratoires que constituent les rivières du département.
Asters, Conservatoire des espaces naturels de Haute-Savoie, et la Fédération départementale de Pêche et des milieux aquatiques, avec la participation de la Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO) et du Groupe de Recherches et d'Information sur la Faune dans les Ecosystèmes de Montagne (GRIFEM), ont décidé de s'associer pour mener un programme commun de connaissance de la répartition de la Loutre dans le département. L'objectif est de renforcer les actions de préservation et de restauration des milieux et la prise en compte de la présence de ce prédateur essentiellement piscivore dansla gestion piscicole.
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